A Capela dos Ossos foi construída no século XVII, seguindo um modelo então em voga, com a intenção de provocar pela imagem a reflexão sobre a transitoriedade da vida humana e o consequente compromisso de uma permanente vivência cristã. Tanto as paredes como os pilares estão revestidos de alguns milhares de ossos e crânios, provenientes dos espaços de enterramento ligados ao convento. Os frescos que decoram o tecto abobadado, datados de 1810, apresentam uma variedade de símbolos ilustrados por passagens bíblicas e outros com os instrumentos da Paixão de Cristo. À saída da capela, na parede fronteira, um painel azulejar, da autoria do arquitecto Siza Vieira, contrapõe à alusão da morte o milagre da vida.